评估 RO系统化学清洗效果的最准确的方法是前面提到的运行数据标准化。即在任何一种化学清洗的前后，准确读取完整的运行数据，标准化后看产水量、脱盐率、压差在清洗前后的变化。
特别是遇到困难清洗时，标准化的工作很重要，否则可能出现不准确的判断。一般客户容易看到直观的产水量和产水电导率的变化，而往往看不到或者干脆忽视了压力、压差、温度、进水电导率、进水pH、回收率等（这些参数可能对客户关心的产水量和产水电导率形成影响）变化，从而经常产生错误的抱怨。
如果每次化学清洗不彻底，那么意味着运行参数会不断加速衰减，诸如产水量持续下降，压力持续上升，压差持续上升，脱盐率持续下降等。清洗不彻底会导致 RO系统内部的局部区域形成长期污堵的死区，这样的死区一方面会导致有效膜面积下降，恶化膜元件内部的正常错流流态，增加污堵的机会和污堵的速度，使系统性能下降；另一方面，死区不断扩大会导致更严重的致命污堵，直至把膜元件的进水通道堵死，致使清洗没法进行。可以说，清洗不彻底是非常常见的 RO污染物越积越多、污堵越来越快、性能快速恶化的原因之一。
需要注意：新系统在初次清洗后性能与初始值多少会有一些不可逆损失，这是系统污染物的本质决定的，但在后面的第 2、3、…、N次清洗后，应该呈现稳定的运行曲线，也就是每次清洗后，标准化的产水量、脱盐率、压差等应基本看不出明显的变化，尤其是连续几次清洗的效果不能出现持续显著的衰减，否则意味着出现了不可逆污堵。
清洗不彻底是很严重的事情，直接的后果是在设计周期内可能导致产水量不足、水质恶化等致命问题。一经发现，客户应该尽快通知工程公司，以便帮助查找潜在原因，尽快制订修改方案，并尽快采取修正行动，看是否能解决问题。必要时，可能涉及系统方案的工艺改造。当然，客户如果觉得有需要，完全可以通知膜供应商，以便提供技术协助。
某种药品在进行一次清洗时，是否洗到终点，简单讲就是：看药品有没有消耗、污染物有没有从膜上下来。只要药品在不断消耗，只要污染物在不断下来，那么就没有到终点。具体一点，有下面这么几个判断方法可供参考。
①通过监测 pH 值或者残余药品浓度来判断药品消耗情况。比如：酸洗要洗到pH保持2.0-2.5左右，且不变为止。
②通过清洗液颜色的变化或者污染物剥离的情况来判断。比如，如果清洗液颜色很深或者大量污染物剥离导致清洗液很脏，则应尽快放掉脏的清洗液，更换同种新鲜清洗液，再次进行同样的清洗。
③通过清洗参数的变化来判断。碰到清洗反应较慢的情况，可能需要浸泡或循环数十分钟、数小时、数十小时，通过观察清洗参数（压力、压差、水量等）的细微变化，也能帮我们间接判断清洗是否到终点。
④通过多次不同清洗时间的尝试，得出最佳清洗时间，从而为以后的终点判断提供依据。
